Alain Nisus est d’origine guadeloupéenne. Il a fait des études de mathématiques à Bordeaux. Il est titulaire d’une maitrise en théologie à la Faculté Libre de Théologie Évangélique (FLTE) à Vaux-sur-Seine, d’un doctorat en théologie à l’Institut Catholique de Paris, ainsi que d’une licence en philosophie à l’université de Paris VII. Avant de devenir professeur de dogmatique à la FLTE, il a été pasteur d’une église baptiste à Versailles puis à Grenoble.